Bệnh viện Đa khoa huyện Đông Hưng được thành lập từ năm 2006 theo quyết định số 16/QĐ-UBND ngày 22/6/2006 của Ủy ban nhân dân tỉnh Thái Bình. Bệnh viện được tách ra từ Trung tâm y tế huyện Đông Hưng.

Trải qua 14 năm xây dựng và phát triển, Bệnh viện đã có những thay đổi tích cực bởi sự thay đổi về cơ chế quản lý đặc biệt là sự thay đổi về cơ chế quản lý tài chính từ bao cấp sang cơ chế tự chủ.

Năm 2006 bệnh viện Đa khoa huyện Đông Hưng tách ra từ Trung tâm y tế Đông Hưng.

Năm 2006 bệnh viện mới chỉ có 15 khoa phòng, sau khi nâng hạng bệnh viện; Năm 2008 bệnh viện thành lập thêm tổ Kiểm soát nhiễm khuẩn;

Năm 2012 thành lập thêm Tổ CNTT;

Năm 2013 thành lập thêm 3 khoa mới Khoa Chẩn đoán hình ảnh (tách ra từ khoa Xét nghiệm), Khoa Kiểm soát nhiễm khuẩn và Khoa Dinh Dưỡng;
          Năm 2014 thành lập thêm Phòng CNTT, khoa Tai Mũi Họng;

Năm 2015 thành lập thêm Phòng Quản lý chất lượng, Khoa Răng Hàm Mặt và Khoa Vi sinh;

Thời điểm này bệnh viện đã có 23 khoa phòng:

6 Phòng chức năng (Phòng Tổ chức – Hành chính, Phòng Tài vụ – Kế toán, Phòng kế hoạch tổng hợp, Phòng Điều Dưỡng, Phòng Quản lý chất lượng, Phòng CNTT);

12 khoa Lâm sàng (Khoa Khám bệnh, Khoa Cấp cứu, Khoa Nội, Khoa Ngoại, Khoa Sản, Khoa Nhi, Khoa Đông Y – PHCN, Khoa Các bệnh nhiệt đới, Khoa Mắt, Khoa Tai Mũi Họng, Khoa Răng Hàm Mặt, Khoa Dinh dưỡng);

5 khoa Cận lâm sảng (Khoa Dược, khoa Chẩn đoán hình ảnh, khoa Xét nghiệm, khoa Vi sinh, khoa Kiểm soát nhiễm khuẩn). Tuy vậy chúng ta vẫn chưa đáp ứng tiêu chuẩn quy định của Bộ Y tế về một bệnh viện hạng 2

+ Cán bộ nhân viên: Bác sĩ, điều dưỡng, KTV, dược sĩ, nhân viên khác ( đến hết năm 2015)

Để phù hợp với cơ chế quản lý kinh tế thị trường; thực hiện Nghị định 85/2012/NĐ-CP ngày 15/10/2012 của chính phủ về cơ chế hoạt động, cơ chế tài chính đối với các đơn vị sự nghiệp y tế công lập và giá dịch vụ khám, chữa bệnh của các cơ sở khám, chữa bệnh công lập; Nghị quyết số 16/2015/NĐ-CP ngày 14/02/2015 của Thủ tướng chính phủ về việc quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập; Thông báo kết luận số 963-TB/TU ngày 15/5/2015 của Ban thường vụ Tỉnh uỷ về chủ trương thí điểm tổ chức khám bệnh, chữa bệnh theo yêu cầu tại các bệnh viện công lập. Bệnh viện đã tổ chức sắp xếp lại các Khoa/ phòng cho phù hợp để thực hiện tốt các quyết định trên.